Debido a la gran cantidad de yacimientos fosilíferos en la zona, surgió la necesidad de tener un museo de paleontología, el cual fue inaugurado el año 2006 y en la actualidad se encuentra en las dependencias del Centro Cultural Estación Caldera.
El museo cuenta aproximadamente con más de 20.000 piezas fósiles, dentro de las cuales se resguardan el material extraído desde cerro Ballena y Sitio Paleontológico Los Dedos, donde se han podido encontrar variados tipos de dientes de tiburón, restos de mamíferos, como por ejemplo fragmentos de focas y thalassocnus, además de una gran cantidad de tipos de aves, entre ellas el Pelagornis Chilensis, una de las aves prehistóricas más grandes del mundo.
Ubicación: Centro Cultural Estación Caldera, avenida Wheelwright s/n.
Horarios: martes a domingo, de 10:00 a 13:00 y 14:30 a 18:00