La flora del Parque Nacional esta constituida por más de 220 especies distintas, de ellas 206 son nativas de Chile, de las cuales 14 son endémicas, y que solo se pueden encontrar en la Región de Atacama. Alberga a 2 especies en peligro de extinción (garra de león y napina) y otras 14 especies en categoría de vulnerables. Es declarado también lugar de interés científico, para los efectos mineros dispuestos en el artículo 17.º de la Ley n.º 18.284 (Código de Minería).
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